Uroczystą Mszą św. na Rynku Staromiejskim, Apelem Jasnogórskim i biciem średniowiecznego dzwonu Tuba Dei mieszkańcy Torunia podziękowali w środę 6 kwietnia 2005 r. wieczorem za życie i pontyfikat Ojca Świętego Jana Pawła II, Honorowego Obywatela Torunia.
Nabożeństwo dziękczynne zgromadziło kilkadziesiąt tysięcy osób. Odbyło się ono w samym sercu miasta – ołtarz polowy został ustawiony na rynku przy ścianie Ratusza Staromiejskiego. Policja potwierdziła, że uczestników Mszy było 20 tys. Wierni wypełnili cały Rynek Staromiejski oraz przylegające do niego uliczki.
Msza św. miała bardzo podniosłą formułę. Ze względu na to, że biskupi toruńscy udali się już do Rzymu na uroczystości pogrzebowe, odprawił ją ks. infułat Tadeusz Nowicki z Grudziądza. Władze miejskie były reprezentowane przez prezydenta Torunia Michała Zaleskiego i przewodniczącego Rady Miasta Józefa Jaworskiego. Oprawę muzyczną nabożeństwa przygotował Chór Akademicki UMK. Czytania mszalne zostały przeczytane przez aktorów Teatru im. Horzycy. W Mszy wzięło udział całe środowisko toruńskiego seminarium duchownego. Rynek Staromiejski został ozdobiony dodatkowymi dwoma banerami. W tle ołtarza na ścianie ratusza został umieszczony wizerunek krucyfiksu Drzewo Życia z kościoła św. Jakuba. Przypomniał on, że w trakcie wizyty Ojca Świętego w Toruniu 7 czerwca 1999 r. Drzewo Życia było głównym elementem plastycznym papieskiego ołtarza. Natomiast na wieży kościoła pw. Ducha Świętego została zawieszona flaga watykańska z herbem papieskim.
Do udziału w Mszy zaproszono poczty sztandarowe toruńskich instytucji i stowarzyszeń. Przybyło ich kilkadziesiąt, wśród nich poczet sztandarowy z chorągwią miasta Torunia. Po Mszy został odśpiewany Apel Jasnogórski, a w godzinę śmierci Ojca Świętego, czyli o godz. 21.37, odezwał się katedralny dzwon Tuba Dei. W trakcie końcowych śpiewów uczestnicy podnieśli w górę tysiące świec. Ogniem nadziei i wdzięczności Toruń podziękował za życie i pontyfikat Jana Pawła II.