Miasto zostało powołane do życia 28 grudnia 1233 r. Toruń był początkowo założony przy przeprawie przez Wisłę - w Starym Toruniu. Tam Krzyżacy zbudowali swój pierwszy gród w ziemi chełmińskiej - jak głosi legenda - na rozłożystym dębie, a następnie lokowali miasto, które jednak na skutek nękających osadników wylewów rzeki wkrótce, bo w 1236 r., przeniesiono na obecne miejsce.
Początki osadnictwa na toruńskiej starówce wiążą się z rejonem tzw. "Wyspy", blokiem zabudowy między ul. Szeroką, Żeglarską i Łazienną, wraz z placem wokół kościoła św. Jana. "Wyspa" była może miejscem obronnym, otoczonym wałem, za którym kryli się w razie niebezpieczeństwa pierwsi osadnicy. Potem, kiedy powstały wały, a następnie mury obronne sama "wyspa" straciła sens, teren wyrównano i pobudowano na nim domy, w których ze względu na bliskość Rynku - mieszkali chętnie najbogatsi kupcy i rajcy.
Miasto rozwijało się bardzo szybko, ale etapami. Najszybciej rozplanowano ulice w południowej części Starego Miasta - wokół "wyspy". Głównym szlakiem ulicznym była wówczas dzisiejsza ul. Kopernika (wówczas św. Anny), która prowadziła w kierunku przeprawy w Starym Toruniu. Wkrótce jednak okazało się, że założenie miasta w tym punkcie było inwestycją tak udaną, że trzeba je było natychmiast poszerzyć, by zmieścić wszystkich kupców nadciągających ze Śląska, pobliskich ziem polskich, wreszcie z dalekiej Westfalii i Lubeki - ojczyzn miast hanzeatyckich i handlu bałtyckiego. Po 1251 r. rozplanowano więc Rynek, który stał się odtąd centrum miasta, murami obwiedziono pozostający wcześniej poza ich obrębem klasztor i kościół franciszkanów. Już wkrótce, bo w 1264 r. założony został kolejny ośrodek miejski - Nowe Miasto. W przeciwieństwie do Starego, gdzie dominowali kupcy, a z rzemiosł najbogatsi - piwowarzy, piekarze i rzeźnicy, Nowe Miasto zostało założone jako centrum rzemiosła toruńskiego.
Toruniem rządziły w średniowieczu cztery wielkie cechy - piwowarzy, garbarze, sukiennicy i kuśnierze. W drugiej połowie XIII i w XIV w. powstały monumentalne budowle - ratusz i kościoły: św. Janów, NMP, św. Jakuba. Większość kamienic toruńskich uzyskała też swe mury z cegły. Olbrzymi ruch budowlany i napływ ludności powodował konieczność rozwoju wytwórczości niezbędnej do zaspokojenia rosnących potrzeb. Pierwsze młyny toruńskie powstały zapewne na przedzamczu, pod całkowitą kontrolą krzyżaków. Już w 1259 r. powstał młyn na przedmieściach - w Trzeposzu. Toruń nie powstałby bez swoich cegielni. Już w XIII w. powstała cegielnia zakonna nad Strugą Toruńską, a zapewne w tym samym czasie lub niewiele później powstały co najmniej 3 następne cegielnie miejskie nad Wisłą. Wokół miasta rozrastały się przedmieścia, na których osiedlali się ubożsi rzemieślnicy: kołodzieje, garncarze, kowale, pszczelarze, tragarze - nazwy poszczególnych zawodów zapisane zostały w nazwach ulic, dziś już nie istniejących. Nad Wisłą powstał port, który przynajmniej do końca XIV w. był portem morskim, obok - w pobliżu Bramy Klasztornej - działała stocznia, gdzie budowano zapewne mniejsze jednostki do obsługi handlu rzecznego. Na terasach wiślanych, między miastem a Kaszczorkiem rozpościerały się winnice, należące do najbogatszych kupców.
Cały ten kompleks (miasta i przedmieścia) obejmował w momencie swego największego rozkwitu, w końcu XIV w., około 20 tysięcy mieszkańców. Miasto, co najmniej do połowy XIV w., było członkiem związku miast hanzeatyckich, przewodząc nawet w nim grupie miast pruskich.
Kolejne wieki nie były już tak łaskawe dla gościnnego portu nad Wisłą. Błyskawiczny rozwój Gdańska w drugiej połowie XIV w. spowodował w kolejnym półwieczu stopniowe wypieranie kupców toruńskich z handlu morskiego. Miejscowi kupcy musieli szukać dla siebie i miasta innego miejsca na mapie gospodarczej Polski, do której Toruń został włączony w 1454 r. Wisłą zaczęło spływać do portu gdańskiego zboże z szlacheckich folwarków i chłopskich pól. Kupcy toruńscy, korzystając z prawa pierwokupu towarów spławianych Wisłą, przejmowali znaczne ilości zboża i sprzedawali je w Gdańsku. Na handlu zbożem wyrósł nowy toruński patrycjat - Eskenowie, którzy tak wspaniale rozbudowali potem swoja rezydencję; Krügerowie, von der Lindenowie - rządzący później też w Gdańsku, Koyenowie - którzy pozostawili po sobie ilustrowaną dziesiątkami herbów rodzin spokrewnionych genealogię, Strobandowie - twórcy gimnazjum toruńskiego i reformatorzy miasta.
Rozwój handlu zbożowego spowodował rewolucję w zabudowie. Do jego prowadzenia konieczne były magazyny - spichlerze. Wcześniej, przed połową XV w. toruńscy kupcy zbożowi mieszkali przy południowym biegu ul. Mostowej. W ciągu jednego stulecia (1450-1550) powstało w Toruniu około 60 nowych magazynów na zboże. Niedługo jednak, oczywiście w wymiarze historycznym, cieszył się Toruń z pozycji pośrednika między producentami zboża i Gdańskiem. Już w pierwszej połowie XVI w. coraz potężniejsi gdańszczanie i szlachta wymogli na królu zniesienie toruńskiego prawa składu. Niecałe pół wieku później udział kupców toruńskich w handlu zbożowym został ograniczony do minimum. Mimo jednak tak niekorzystnych zmian sytuacji handlowej Toruń trwał i w drugiej połowie XVI w. przeżywał nawet okres krótkotrwałej drugiej swej świetności. Na mocy przywileju królewskiego z 1496 r. miasto otrzymało prawo do wybudowania stałego mostu przez Wisłę. Stanął on ostatecznie w 1500 r. Miasto stało się dostępne "suchą stopą" dla kupców podążających po coraz liczniejszych traktach ówczesnej Rzeczypospolitej, przewożących z zachodu na wschód sukno, przyprawy, wina reńskie, sól, a z wschodu na zachód skóry, wełnę, towary orientalne sprowadzane z krajów Wschodu. Wymiana towarów dokonywała się na wielkich jarmarkach organizowanych na szlaku. Z Frankfurtu i Lipska kupcy przejeżdżali do Poznania, Gniezna, a dalej do Torunia. Tu też docierali ze swymi towarami gdańszczanie, kupcy z Wilna, Grodna, Mohylewa, Lublina, Wrocławia. Stopniowo więc, w ciągu XVI w. Toruń przeistaczał się po raz kolejny, tym razem z pośrednika w handlu zbożowym w miasto wielkich zjazdów kupieckich, miejsce wymiany towarów między wschodem i zachodem Europy. Kupcy toruńscy zaopatrujący się w Gdańsku w poszukiwane towary zamorskie: śledzie, sól, towary kolonialne, przyprawy i sukna angielskie i niderlandzkie, docierali w XVII w. aż po południowo-wschodnie kresy Rzeczypospolitej - na Wołyń, do Kijowa i Lwowa, dokonując korzystnych transakcji handlowych.
Wiek XVI przyniósł ze sobą również wielkie przemiany w dziedzinie religii. W mieście zwyciężyła w 1557 r. doktryna Marcina Lutra. Rada przejęła nadzór nad majątkiem byłych katolickich instytucji kościelnych, szpitali i szkół. Ówczesny burmistrz Jan Stroband zainicjował powołanie gimnazjum akademickiego w Toruniu. Za datę powstania gimnazjum przyjmuje się rok 1568, ale sam proces przekształcania szkoły parafialnej w nowoczesne gimnazjum humanistyczne zaczął się wcześniej, a zakończył wraz z reformą szkoły przeprowadzoną przez syna inicjatora - jednego z najwybitniejszych toruńskich mężów stanu - Henryka Strobanda w 1594 r. W czasie gdy był on rajcą, a następnie burmistrzem (lata 1586-1609) dokonała się w mieście kolejna "rewolucja" tym razem ustrojowa. Stroband zainicjował reformy prowadzące do pełnej centralizacji władzy w mieście w rękach rady - powołano tzw. kamlarię miejską, zmodyfikowano lub opracowano od nowa statuty większości cechów rzemieślniczych, wprowadzono jednolity zarząd przytułków, kościołów i szkół, unormowano zarząd tzw. groszem sierocym, wprowadzono nowy podział administracyjny miasta i przedmieść na kwartały. W tym samym okresie pobudowano nowy gmach warty i bursę dla uczniów gimnazjum, przebudowano ratusz i arsenał, przygotowany został plan budowy nowoczesnych, bastionowych fortyfikacji obronnych.
Za rządów Strobanda zahamowany został napływ ludności katolickiej do cechów toruńskich, władze miasta starały się utrudniać działalność jezuitów, osadzonych przy kościele św. Jana w 1596 r. Było to swego rodzaju zapowiedzią nasilającego się konfliktu wyznaniowego między luteranami a katolikami. Przez przeszło wiek utrzymywały się jednak zasady tolerancji religijnej, które znalazły oddźwięk w zorganizowanej w Toruniu dyspucie teologicznej między przedstawicielami różnych odłamów chrześcijaństwa - tzw. Colloquium Charitativum z 1645 r.
Lata dwudzieste XVII w. przyniosły pierwsze zwiastuny upadku miasta. Spalone w 1629 r. przedmieścia toruńskie już nigdy nie zostały odbudowane. Nowe fortyfikacje bastionowe z lat czterdziestych XVII w. objęły tylko obszar miasta w obrębie murów i ograniczyły jego rozwój przestrzenny. Kryzys gospodarczy i społeczny powodował też nasilenie konfliktu wyznaniowego. Winnych pogarszania się sytuacji materialnej, niemożności społecznego awansu, szukano w pierwszym rzędzie wśród "obcych" wyznaniowo czy też pod względem etnicznym. Taka też była, upraszczając oczywiście i pomijając szereg przyczyn bezpośrednich, geneza konfliktu luteranów z katolikami - głośnego tumultu toruńskiego z 1724 r., który doprowadził do splądrowania kolegium jezuickiego przez protestantów, a następnie ścięcia na mocy wyroku sądu królewskiego winnych dopuszczenia do tej sytuacji przywódców społeczności luterańskiej, w tym burmistrza Johanna Gottfrieda Roessnera.
Toruń osiemnastowieczny był miastem pustoszejącym. Pożary z czasu oblężenia przez Szwedów w 1703 r. spowodowały czasową ruinę ratusza. Na miejscu spalonych kamienic przy Rynku stanął później nowy kościół luterański. Po okresie względnie pomyślnej koniunktury gospodarczej w trzeciej ćwierci tego stulecia, nastąpił I rozbiór Rzeczypospolitej. Co prawda Toruń przeszedł pod panowanie pruskie dopiero w 1793 r., ale blokada gospodarcza miasta po 1773 r., a w następstwie rozbiorów rozpad rynku wiślanego i likwidacja dotychczasowych powiązań handlowych, spowodowała wyludnienie miasta i jego upadek gospodarczy.
Ten stan rzeczy utrzymywał się też w pierwszym okresie rządów pruskich (1793-1807) oraz w okresie przynależności miasta do Księstwa Warszawskiego i okupacji rosyjskiej (1807-1815). U progu rządów pruskich miasto osiągnęło dno swego upadku demograficznego - liczba mieszkańców spadła w 1793 r. do ok. 6 tysięcy. Kurczyła się liczba rzemieślników, jedynie nieliczni kupcy zbożowi mogli rozwinąć swoje interesy w związku z ponownym uruchomieniem spławu do Gdańska oraz budową Kanału Bydgoskiego, który otwierał drogę wodną do centrum państwa pruskiego. Do miasta napłynęła liczna grupa urzędników pruskich, rozlokowano tu też garnizon. Powrót Torunia pod rządy polskie niewiele zmienił. Miasto uzyskało na początku 1808 r. status miasta municypalnego (wraz z Warszawą, Poznaniem i Kaliszem), co podkreślało przynajmniej formalną, większą autonomię gminy. W latach 1810-1812 Francuzi postanowili uczynić z Torunia twierdzę. Miasto zostało otoczone dwunastoma obmurowanymi i opalisadowanymi bastionami. Możliwości obronne nowych umocnień sprawdzone zostały już wkrótce podczas oblężenia miasta przez wojska rosyjskie od lutego do kwietnia 1813 r. W trakcie przygotowań do obrony zostały zrównane z ziemią przedmieścia, wieś Mokre oraz położone za Wisłą Podgórz i Majdan. Oblężenie doprowadziło też do dalszego spustoszenia miasta - całkowicie zniszczonych zostało 100 domów, 250 było znacznie uszkodzonych, jedynie 400 nadawało się do zamieszkania. Na skutek działań wojennych i zamknięcia angielskiego rynku zbytu upadł prosperujący jeszcze dość pomyślnie w okresie poprzednim toruński handel zbożem. Chyliło się też ku upadkowi toruńskie gimnazjum, które utraciło dwie najwyższe klasy, przestając tym samym pełnić rolę szkoły "półuniwersyteckiej".
I znowu na niewiele zdała się zmiana przynależności państwowej. Prusacy, którzy powrócili do miasta w wyniku postanowień Kongresu Wiedeńskiego (1815), rozbudowali nawet umocnienia obronne wokół Torunia. Stał się on nadgraniczną twierdzą pruską. Zablokowało to możliwość rozwoju przestrzennego miasta. Dopiero w pewnym oddaleniu od pasa umocnień rozwijać się zaczęły nowe przedmieścia - robotnicze Mokre, Bydgoskie, Jakubskie i Nowe Przedmieście Chełmińskie. Przed połową XIX w. nie osiągnęły one jednak stanu zaludnienia sprzed spalenia w 1812 r. Utrzymywały się też bardzo niekorzystne warunki dla rozwoju handlu toruńskiego, który miał co najwyżej lokalny zasięg.
Bardzo wolno docierały do miasta najważniejsze osiągnięcia cywilizacji technicznej. Pierwszą drogę bitą do Grudziądza pobudowano w 1828 r., połączenie telegraficzne z Berlinem zostało uruchomione w 1855 r., w 1859 r. zbudowano gazownię miejską, pierwsze połączenie kolejowe (z Bydgoszczą) miasto uzyskało w 1861 r., w 1899 r. ruszyła elektrownia i pierwsza linia tramwaju elektrycznego. Fakty te, narastające szczególnie po 1850 r. w sposób lawinowy, stworzyły korzystniejsze warunki dla rozwoju demograficznego i gospodarczego Torunia. Zanim jednak doszło do tego przełomu został on wyraźnie zdystansowany pod tym względem przez pobliską Bydgoszcz i Grudziądz.
Szczególne znaczenie dla przestrzennego otwarcia się miasta miała decyzja o odsunięciu od niego umocnień fortecznych. Zwycięska dla Prus wojna z Francją i uzyskane w jej wyniku olbrzymie kontrybucje zostały spożytkowane m.in. na rozbudowę systemu obronnego zjednoczonych Niemiec. Decyzja ta odbiła się też na dziejach Torunia, uznanego za twierdzę klasy pierwszej. W latach 1878-1892 zbudowano cały pierścień nowych fortyfikacji zewnętrznych, na które składało się 7 fortów głównych, 6 pośrednich, duża bateria artylerii oraz schrony dla piechoty i artylerii na międzypolach. Znaczenie strategiczne i gospodarcze miasta wzrosło też po wybudowaniu w 1873 r. mostu kolejowego na trasie Berlin - Wystruć, będącej najdogodniejszym połączeniem kolejowym centralnych Niemiec z Prusami Wschodnimi.
Na skutek odsunięcia od miasta, a następnie likwidacji wewnętrznego pasa fortyfikacji, przylegającego bezpośrednio do murów starówki, możliwe się stało zabudowanie opuszczonych przez wojsko terenów. Powstało na tym terenie wiele gmachów wojskowych i publicznych, m.in. kościół garnizonowy (zbudowany w latach 1894-1897), teatr miejski (1903-1904), nowa siedziba banku przy dzisiejszym pl. Rapackiego (1906), budynek Szkoły Przemysłowej (obecne Collegium Maius UMK, 1907). W 1906 r. włączono do Torunia gminę Mokre, która liczyła w tym czasie ok. 12 tysięcy mieszkańców, głównie polskich robotników, których ściągnęła do Torunia możliwość uzyskania pracy przy rozbudowie fortyfikacji. W latach 1861 - 1906 liczba mieszkańców Torunia wzrosła z ok. 14 do ok. 33 tysięcy mieszkańców, a po włączeniu Mokrego do ponad 40 tysięcy mieszkańców. Po raz pierwszy od przeszło wieku nastąpił po 1861 r. przyrost liczby rzemieślników (w latach 1867-1900 ich liczba wzrosła z 195 do 540 mistrzów). Rozwijać się też zaczął miejscowy przemysł - powstała fabryka maszyn rolniczych E. Drewitz, rozwinęły się fabryki pierników (m.in. firma Weese).
Rozwój gospodarczy i demograficzny miasta wpłynął też na ożywienie życia kulturalnego i naukowego w Toruniu. Za początek dziewiętnastowiecznego ożywienia zainteresowań nauką można uznać wydanie w 1842 r. Historii Torunia autorstwa J.E. Wernicke. W tym samym roku rozpoczęła działalność drukarnia Ernsta Lambecka, który wydawał też książki w języku polskim, m.in. pierwsze legalne wydanie krajowe "Pana Tadeusza" A. Mickiewicza (1859). W 1853 r. powstało też towarzystwo naukowe "Coppernicus-Verein für Kunst und Wissenschaft zu Thorn", które przyczyniło się do ożywienia zainteresowania historią miasta. Wśród członków tego towarzystwa znaleźli się m.in. nadburmistrz Torunia Georg Bender (1848-1924), wieloletni poseł do sejmu pruskiego, nadburmsitrz Torunia w latach 1888-1891, a przy tym badacz przeszłości miasta, a także najwybitniejszy chyba historyk Torunia narodowości niemieckiej Artur Semrau (1862-1940).
Mimo zaniku polskich środowisk inteligenckich po 1793 r., w drugiej połowie XIX w. Toruń stał się ośrodkiem polskiego ruchu narodowego. Związane to było przede wszystkim z faktem przeniesienia tutaj w końcu 1866 r. redakcji najważniejszej w Prusach Zachodnich polskiej "Gazety Toruńskiej" - pierwszy jej numer ukazał się w drukarni Józefa Buszczyńskiego 1 I 1867. Kolejną niezwykle ważną dla Polaków instytucją związaną z miastem było powołane 16 grudnia 1875 r. Towarzystwo Naukowe, grupujące przede wszystkim polskich ziemian i kler katolicki z Prus Zachodnich. Na jego czele w latach 1897-1914 stał ks. Stanisław Kujot, wybitny badacz przeszłości Pomorza.
Na początku XX w. doszło do nasilenia konfliktu narodowego między Niemcami a Polakami. Przyczyniły się do tego działania tzw. hakaty (Ostmarkverein) oraz ustawa o stowarzyszeniach, w której zakazano używania języka polskiego na otwartych zebraniach publicznych. Tuż przed wybuchem I wojny światowej (1910) miasto liczyło 46 tysięcy mieszkańców, w tym 55-60% Niemców, 38-43% Polaków i ok. 2% Żydów.
W wyniku przegranej wojny i na mocy decyzji traktatu wersalskiego Toruń ponownie znalazł się w granicach państwa polskiego. 18 stycznia 1920 r. do miasta wkroczyły oddziały polskiej Dywizji Pomorskiej. Dwa dni później przybył do Torunia pierwszy wojewoda pomorski - Stefan Łaszewski (mianowany już w X 1919 r.). Toruń stał się tym samym stolicą rozległego województwa obejmującego swym zasięgiem przypadłą Polsce część dawnych Prus Zachodnich. Nowe funkcje administracyjne wymusiły zmianę charakteru gospodarczego miasta. Z przedwojennej twierdzy przekształcało się ono stopniowo w nowoczesny ośrodek administracyjny i centrum życia kulturalnego. W okresie prezydentury Antoniego Bolta (1924-1936) dokonano w Toruniu modernizacji połączeń komunikacyjnych i rozpoczęto budowę nowego centrum. Po 1928 r. wzniesiono m.in. gmach Urzędu Wojewódzkiego Pomorskiego (od 1933 r. Dyrekcja Okręgowa Kolei Państwowych), Dyrekcję Lasów Państwowych, klasztor i juwenium redemptorystów na Bielanach, maszt i budynek rozgłośni Polskiego Radia. W 1934 r. Toruń otrzymał nowoczesny most drogowy, łączący miasto z Podgórzem. Liczba mieszkańców miasta wzrosła w latach 1920-1939 z 37 do 79 tysięcy. Rozwijał się też przemysł - działały nadal fabryki pierników, z których największa Gustava Weesego została przejęta w 1939 r. przez Związek Spółdzielni Spożywców "Społem". W 1932 r. uruchomiono największy zakład przemysłowy Torunia - Belgijsko-Polskie Zakłady Chemiczne "Polchem" SA, w których podjęto produkcję kwasu siarkowego i nawozów fosforowych. Rozwijało się też życie naukowe i kulturalne. W 1925 r. powstał Instytut Bałtycki, który stał się wkrótce głównym ośrodkiem badań pomorzoznawczych w kraju. W 1936 r. przeniesiono jego siedzibę do Gdyni. W 1923 r. otworzono dużą bibliotekę naukową - Książnicę Miejską, która przejęła na własność, bądź w formie depozytu, rozproszone dotąd zbiory starodruków i książek naukowych. Bardzo ważną rolę odgrywał w życiu kulturalnym miasta teatr, w którym w latach 1920-1939 wystawiono łącznie ok. 700 sztuk.
Ten krótki okres dynamicznego rozwoju miasta został przerwany działaniami wojennymi. 7 września 1939 r. do miasta wkroczyły oddziały Wehrmachtu. 16 i 17 października 1939 r. niemieckie władze policyjne dokonały pierwszych, masowych aresztowań wśród ludności polskiej, głównie inteligencji i kadry urzędniczej. Byli oni kierowani do Fortu VII, który stał się centralnym więzieniem dla Polaków z miasta i okolic. Uwięziono razem ok. 1200 osób. Spośród nich w okresie 28 X - 6 XII 1939 r. rozstrzelano w lesie Barbarka ok. 500 osób. Do marca 1941 r. wysiedlono z Torunia ok. 5000 Polaków. Jeszcze na jesieni 1939 r. Niemcy wywieźli do Łodzi ostania grupę Żydów toruńskich. Pozostałych w mieście Polaków władze niemieckie zmuszały do przyjęcia niemieckiej listy narodowej. Żywioł niemiecki został też wzmocniony przesiedleńcami z Europy Wschodniej i terenów Rzeszy - ogółem osiedlono w Toruniu do końca 1944 r. ok. 16 tysięcy Niemców.
Okupacja niemiecka zakończyła się 1 lutego 1945 r. Tego dnia, na miejsce przebijających się w kierunku Bydgoszczy oddziałów niemieckich, wkroczyły do miasta oddziały wojsk radzieckich. Wkrótce też utworzono administrację polską. Jedną z pierwszych decyzji administracyjnych Rządu Tymczasowego wobec Torunia, inspirowaną przez PPR, było przeniesienie stolicy województwa pomorskiego z "inteligenckiego" Torunia do "robotniczej" Bydgoszczy (2 marca 1945). Miasto otrzymało jednak wkrótce rekompensatę za swą degradację w hierarchii administracyjnej kraju. Napływ do Torunia repatriowanych ze wschodu profesorów z Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie oraz wcześniejsze działania podjęte przez lokalne środowiska kulturalne, doprowadziły do powstania idei utworzenia w Toruniu uniwersytetu. Został on ostatecznie powołany do życia 24 sierpnia 1945 r. przez Prezydium Krajowej Rady Narodowej. Pierwszym rektorem Uniwersytetu Mikołaja Kopernika mianowano historyka prof. Ludwika Kolankowskiego. W ciągu swej ponad sześćdziesięcioletniej historii uczelnia ta wyrosła na jeden z najważniejszych ośrodków naukowych i dydaktycznych w skali całego kraju. Studiuje tu obecnie ponad 40 tysięcy studentów, pod względem aktywności naukowej UMK zajmuje czołowe miejsce wśród uniwersytetów polskich. W latach 1967-1973 toruńska uczelnia uzyskała nowoczesną bibliotekę, nowe budynki dydaktyczne i mieszkalne dla studentów oraz gmach rektoratu w nowo pobudowanym miasteczku uniwersyteckim na Bielanach. Baza ta jest do dzisiaj rozbudowywana.
Pod względem społecznym lata powojenne nie były dla miasta korzystne. Degradacja do rangi ośrodka powiatowego, przeniesienie licznych instytucji o zasięgu regionalnym do Bydgoszczy, zahamowały zarówno rozwój ekonomiczny, jak i kulturalny miasta. Tym niemniej dokonywał się w tej dziedzinie powolny postęp. W roku 1947 uruchomiono Toruńskie Zakłady Przemysłu Odzieżowego (obecnie "Torpo"), w roku nastepnym - Pomorskie Zakłady Wytwórcze Aparatury Niskiego Napięcia (obecnie "Apator"), a w latach 1950-1955 rozbudowywano i modernizowano istniejące już zakłady ("Polchem") oraz otwierano nowe (m.in. w 1951 r. otwarto Toruńskie Zakłady Materiałów Opatrunkowych). Przełom w tej dziedzinie nastąpił po 1960 r. Na mocy decyzji władz centralnych zlokalizowano w Toruniu dwa wielkie zakłady przemysłowe - Zakłady Włókien Chemicznych "Elana" (uruchomione w 1964 r.) i Toruńską Przędzalnię Czesankową "Merinotex" (1965). Rozwój przemysłu w latach sześćdziesiątych spowodował masowy napływ ludności z okolicy. Tylko w "Elanie" i "Merinotexie" zatrudnionych było w 1975 r. łącznie ok. 10 tysięcy pracowników.
Rozwój przemysłu spowodował przyspieszony wzrost demograficzny. Jeszcze w 1946 r. miasto liczyło zaledwie 68 tysięcy mieszkańców, w 1960 r. - 105 tysięcy, a obecnie już ponad 210 tysięcy. Napływ ludności wymusił też rozwój przestrzenny miasta. Spośród inwestycji budowlanych niewątpliwie największą była budowa osiedla "Rubinkowo", na którym mieszka obecnie około połowy mieszkańców miasta. Rozwijający się ośrodek otrzymał też nowy szpital (1971), elektrociepłownię, ujęcie wody pitnej na Drwęcy. Rozbudowano też sieć komunikacyjną (trasa przelotowa z Bydgoszczy do Gdańska, nowa linia tramwajowa Merinotex-Elana).
W 1975 r., na skutek reformy administracyjnej kraju, Toruń ponownie stał się siedzibą władz wojewódzkich. Sytuacja ta jednak jedynie w niewielkim stopniu wpłynęła na dalszy rozwój miasta. Znacznie ważniejsze z tego punktu widzenia wydają się przemiany polityczne, które dokonały się w kraju po 1989 r. W wyniku reformy samorządu terytorialnego władze miasta uzyskały rzeczywisty wpływ na dalszy rozwój Torunia. W 1992 r. Toruń stał się też, na mocy decyzji papieża Jana Pawła II, siedzibą biskupstwa. W latach dziewięćdziesiątych miasto zaczęło odzyskiwać rangę poważnego ośrodka kulturalnego - okrzepły odbywające się w Toruniu międzynarodowe festiwale teatralne i filmowe, wzrosła rola Torunia na mapie turystycznej kraju i Europy. Swego rodzaju ukoronowaniem działań władz miejskich w tej dziedzinie jest fakt wpisania Torunia do rejestru Światowego Dziedzictwa Kultury w grudniu 1997 r.
W roku 1999 weszła w życie kolejna reforma administracyjna kraju. Z dotychczasowych 49 województw utworzono 16, a Toruń i województwo toruńskie, wraz z bydgoskim i włocławskim, wszedł w skład województwa kujawsko-pomorskiego. W nowym układzie administracyjnym Toruń stał się jedną z dwóch stolic regionu, a swoją siedzibę mają tu władze samorządu województwa. Siedziba władz wojewódzkich administracji państwowej znajduje się w Bydgoszczy.
7 czerwca 1999 roku miało miejsce jedno z najważniejszych wydarzeń w historii miasta - Toruń gościł Ojca Świętego Jana Pawła II, który na toruńskim Uniwersytecie spotkał się z rektorami wszystkich polskich uczelni oraz uczestniczył w odprawionym na toruńskim lotnisku nabożeństwie dla ponad 380 tysięcy wiernych.
W 2002 roku, w Toruniu - podobnie jak we wszystkich polskich gminach, mieszkańcy po raz pierwszy w historii odrodzonego samorządu wybierali prezydenta miasta w wyborach bezpośrednich. W bezpośrdnim wyborze prezydentem miasta został Michał Zaleski.