Toruński zamek należał do najstarszych budowli tego typu wzniesionych przez Krzyżaków na prawym brzegu Wisły. Zaczęto budować go około połowy XIII wieku. Wykorzystano w tym celu umocnienia starszego, wcześniej zniszczonego grodu, co miało wpływ na nietypowy kształt toruńskiej warowni, przypominający podkowę.
Zamek, początkowo drewniany, później wznoszony z kamienia i cegły, był rozbudowywany aż do połowy XV wieku. Wraz z przedzamczem i znajdującymi się na nim budynkami gospodarczymi zajmował przestrzeń między Starym i Nowym Miastem Toruniem.
Leżąc w pobliżu polsko-krzyżackiej granicy, toruński zamek miał duże znaczenie strategiczne i związane z tym silne fortyfikacje. Za wysokim murem głównego zamku znajdował się kilkupiętrowy budynek z kaplicą, refektarzem i dormitorium, w którym mieszkali krzyżaccy rycerze. Podziemia tego gmachu wykorzystywane były jako magazyny żywności, niezbędnej w razie oblężenia. Pośrodku dziedzińca stała wysoka, wolnostojąca wieża wykorzystywana jako miejsce ostatniej obrony, ale także jako punkt obserwacyjny, z którego ogniem lub dymem można było dać sygnał o zbliżającym się niebezpieczeństwie. Wodę dostarczała zamkowa studnia. W obawie przed jej zanieczyszczeniem zbudowano Gdanisko - umiejscowioną poza murami wysoką wieżę, która używana była jako toaleta i baszta broniąca zamkowych bram.
Toruński zamek nigdy nie został zdobyty przez obcych najeźdźców. Zniszczyli go jednak najbliżsi sąsiedzi - mieszczanie Starego Miasta Torunia, którzy oblegli warownię w początku lutego 1454 roku. Atak był sygnałem do ogólnokrajowego powstania kierowanego przez Związek Pruski, organizację powołaną przez miasta i rycerstwo dla obrony ich praw przed nadużyciami i bezprawiem Krzyżaków. Torunianie zdobyli zamek i natychmiast przystąpili do jego planowej i niemal całkowitej rozbiórki. Na zamkowym dziedzińcu urządzono miejskie śmietnisko, które funkcjonowało tu przez kolejne wieki. Dopiero w latach sześćdziesiątych XX wieku odkryto w całości znajdujące się w tym miejscu ruiny.
Do dziś czytelny jest układ zamku dzięki zachowanym zewnętrznym murom. Przy wejściu na dziedziniec oraz w jego centrum przetrwały resztki wysadzonej w powietrze wieży. Fragment ruin położony wzdłuż Wisły kryje ślady po części mieszkalnej zamku. Najlepiej zachowała się wieża ustępowa - Gdanisko, które w XVI-XVIII wieku używane było jako składnica prochu strzelniczego. W sąsiedztwie stoi do dzisiaj krzyżacki młyn napędzany niegdyś wodami Strugi Toruńskiej. W murach zamkowych sąsiadujących z jej brzegiem chował się podobno najprawdziwszy latający smok, widziany w Toruniu latem 1746 roku. Najwyraźniej już wtedy ruiny zamku wydawały się być pełne tajemnic czekających na swych odkrywców.
"Od północy do zamku właściwego przylegało przedzamcze. Miał się na nim znajdować budynek komtura wraz z jego kaplicą i zbrojownią. Oddzielna zbrojownia, pozostająca do dyspozycji całego konwentu, była na zamku właściwym. Prawdopodobnie na przedzamczu znajdowała się firmaria (infirmeria), czyli szpital dla chorych braci, a także łaźnia.
W 2. połowie XIV w. wzniesiono na przedzamczu tzw. "nowy gmach", w którym urządzono m.in. nowy refektarz. Poważną część przedzamcza zajmowały budynki gospodarcze: piekarnia, browar, spichlerz, wozownia, stajnia, obora, kuźnia, warsztat płatnerski i kilka innych pomieszczeń lub budynków magazynowych. Nie potrafimy bliżej określić czasu ich powstania, ale wiele z nich musiało istnieć już w XIII w. Z przedzamczem stykały się budynki młyna zamkowego, położonego nad strugą Postolsko, nieco powyżej gdaniska. Dochody z tego młyna do 1262 r. czerpało miasto Toruń. Dopiero w tym roku miasto przekazało swoje prawa do niego Zakonowi. W latach 1422-1424 Krzyżacy wybudowali jeszcze jeden młyn, położony poniżej gdaniska. Od tego momentu stary młyn nazywany był "górnym", a nowy "dolnym".
Tereny położone na wschód od zamku pozostawały pod bezpośrednim zwierzchnictwem Zakonu jako tzw. wola zamkowa. Na niej znajdowały się obory dla bydła i świń, magazyny drewna. Mieszkali tu także pachołkowie i ludność służebna Zakonu.
Z budową zamku historycy wiążą powstanie komturstwa toruńskiego. Według najnowszych badań komturstwo to obejmowało swoim zasięgiem pierwotnie także tereny, z których później utworzono komturstwo bierzgłowskie (1263 r.) i kowa1ewskie (około 1275 r.) oraz zapewne też dobra elgiszewsko-golubskie (do 1254 r.). Obszar pierwotnego komturstwa toruńskiego ciągnął się zatem szerokim pasem wzdłuż środkowej i dolnej Drwęcy, a następnie Wisły aż po Czamowo. Później komturstwo toruńskie obejmowało Stare Miasto Toruń wraz ze wsią Mokre, Nowe Miasto Toruń, zamek w Starym Toruniu wraz z folwarkiem, młyn i folwark w Lubiczu oraz dwory w Mlewcu i w Jedwabnie”.
T. Jasiński, Toruń XIII-XIV wieku, w: Historia Torunia, t. 1,
pod red. Mariana Biskupa, Toruń 1999