Kościół Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny wzniesiony został w II połowie XIV w. przez franciszkanów, którzy przybyli do Torunia zaledwie kilka lat po lokacji miasta, w 1239 roku.

Zachowana do dziś monumentalna gotycka świątynia jest trzecim bądź nawet czwartym kościołem zbudowanym w tym miejscu. Zgodnie z surową franciszkańską regułą budowla od początku nie posiadała wieży, a jedynie zakończony trzema sygnaturkami szczyt od strony rynku.

Od północy do świątyni przylegał klasztor, rozebrany w pocz. XIX w. W tym czasie rozbiórka groziła nawet samemu kościołowi z powodu niebezpiecznego przechylania się zewnętrznej ściany głównego korpusu oraz dotkliwych zniszczeń z okresu wojen napoleońskich. Podjęte w odpowiednim momencie prace ratunkowe uchroniły od zniszczenia kościół, który do dziś wypełniony jest wspaniałymi dziełami sztuki.

Wewnątrz szczególną wartość mają ścienne malowidła świętych, powstałe w latach osiemdziesiątych XIV wieku. Bardzo cenne są również późniejsze o kilkadziesiąt lat, bogato rzeźbione, wysokie drewniane stalle ustawione po obu stronach obszernego prezbiterium. Tych siedzisk używali w średniowieczu zakonnicy, zaś od połowy XVI w., gdy kościół mariacki został przejęty przez protestantów, zasiadali w nich przedstawiciele luterańskiej rady miejskiej. Świątynia była bowiem najważniejszym miejscem modlitwy toruńskich ewangelików. Przywiązywali oni szczególną wagę do kaznodziejstwa i wspólnego śpiewu, nie dziwi zatem kunszt, z jakim w pocz. XVII w. wykonano znajdującą się w kościele ambonę i organy, których starsza część pochodzi jeszcze z wcześniejszego stulecia.

Ich dźwięk towarzyszył w 1636 r. jednej z najważniejszych odbytych w tym miejscu ceremonii, jaką był pogrzeb szwedzkiej królewny Anny Wazówny, siostry króla Polski Zygmunta III Wazy. Jej pochówkowi w Krakowie sprzeciwili się katoliccy duchowni, Anna była bowiem protestantką i nawet za życia przebywała z dala od królewskiego dworu, zamieszkując zamki w Golubiu i Brodnicy. Znana jako gorliwa obrończyni luteranizmu, mecenas nauki i opiekunka ubogich, królewna interesowała się botaniką i była podobno pierwszą w Polsce osobą, która hodowała i paliła tytoń. Barokowy nagrobek Anny Wazówny, ufundowany przez króla Władysława IV Wazę w 1636 roku, znajduje się w mauzoleum dostawionym od północy do prezbiterium kościoła. Świątynia była również miejscem pochówku wielu wybitnych mieszczan toruńskich i przedstawicieli szlachty, o czym świadczą zawieszone na ścianach renesansowe i barokowe epitafia oraz umieszczone w posadzce płyty nagrobne, niekiedy pamiętające nawet średniowiecze.

Kościół NMP przywrócono katolikom w 1724 roku, po religijnych zamieszkach znanych jako tumult toruński. Do świątyni i klasztoru na blisko 100 lat wprowadzili się ojcowie bernardyni, którzy w krótkim czasie wznieśli barokowy ołtarz główny, łuk tęczowy oddzielający prezbiterium od nawy głównej oraz wszystkie zachowane do dzisiaj ołtarze boczne. Jeden z nich, znajdujący się na końcu południowej nawy, zawiera obraz cierpiącego Chrystusa, który należał niegdyś do króla Jana Sobieskiego i był rzekomo ołtarzem polowym w czasie odsieczy wiedeńskiej w 1683 roku.

Bogactwo wyposażenia i ciekawa historia świątyni stwarzają niepowtarzalny nastrój, który dopełniają refleksy światła wpadającego do wnętrza przez dziewiętnastowieczne witraże.