Gotycka katedra pod wezwaniem św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty swoją formę uzyskała w wyniku wieloetapowej budowy, którą po blisko 200 latach przerwano na przełomie XV i XVI w. Już w średniowieczu był to najważniejszy z toruńskich kościołów, pełniący funkcję staromiejskiej fary, w której skupiało się religijne życie mieszkańców miasta.

W połowie XVI wieku świątynia na krótko przejęta została przez luteran, później przez kilkanaście lat odbywały się tu jednocześnie nabożeństwa katolickie i protestanckie. Od końca XVI wieku do drugiej połowy XVIII stulecia kościół posiadali księża jezuici. W 1992 roku świątynia została podniesiona do rangi katedry - centralnego kościoła diecezji toruńskiej, powołanej przez papieża Jana Pawła II.

Przestronne wnętrze kościoła wypełnione jest cennymi dziełami sztuki. W prezbiterium, które wzniesione zostało już w I poł. XIV wieku, zachowały się pochodzące z tego samego stulecia gotyckie malowidła ukazujące patronów świątyni - św. Jana Chrzciciela i Ewangelistę, a także monumentalny, wielowątkowy średniowieczny obraz przedstawiający Sąd Ostateczny. W okresie średniowiecza powstał również ołtarz główny św. Wolfganga, a także fragmenty barwnych witraży i strzeliste sklepienia. W trzech nawach kościoła znajduje się kilkanaście renesansowych i barokowych ołtarzy oraz wiele epitafiów toruńskich mieszczan i okolicznej szlachty. Największym zainteresowaniem cieszy się jednak kaplica z chrzcielnicą, przy której w 1473 roku ochrzczono Mikołaja Kopernika. Około stu lat później zawieszono tu zachowane do dziś renesansowe epitafium z portretem astronoma. W czasach napoleońskich w kaplicy umieszczono też najstarsze, ale niezbyt udane, popiersie Kopernika, wyrzeźbione w 1766 roku. Za nim na ścianie znajduje się rysunek wskazujący, że w tym właśnie miejscu pochowano serce króla Jana Olbrachta, zmarłego w Toruniu w 1501 roku.

Wielkim skarbem toruńskiej katedry jest również potężny dzwon Tuba Dei - Trąba Boża, ważący ponad 7 tysięcy kilogramów. Kiedy w 1500 roku odlano go i zawieszono w kościelnej wieży, był największym dzwonem w tej części Europy. Według legendy jego powstanie wiązało się z obawami mieszkańców Torunia przed nadchodzącym końcem świata - wielki dzwon miał przebłagać Boga i odsunąć w czasie zbliżającą się apokalipsę. Dźwięk Trąby Bożej przez stulecia towarzyszył najważniejszym wydarzeniom w dziejach miasta. Nic zatem dziwnego, że w XVIII wieku rada miejska wyłożyła olbrzymią sumę kilkunastu tysięcy talarów, by uchronić dzwon przed wywiezieniem go za morze przez stacjonujące w Toruniu wojska szwedzkie. Dziś Tuba Dei używany jest tylko kilka razy w roku, a wibracje wywoływane przez jego niski ton są dużym zagrożeniem dla konstrukcji kościelnej wieży. Wchodząc na jej górną kondygnację z pięknym widokiem na toruńską starówkę można po drodze zobaczyć dzwon i dotknąć jego serca. To podobno najlepszy sposób na spełnienie przynajmniej jednego skrytego marzenia.