Cele strategiczne i operacyjne zostały określone w oparciu o wypracowaną wizję, stanowiąc narzędzie kreacji sytuacji społeczno-gospodarczej miasta do 2028 roku. Służą realizacji wizji oraz misji miasta i określają rezultaty o zasadniczym znaczeniu w długiej perspektywie czasu. Cele strategiczne przypisano do trzech obszarów tematycznych:
 

Cele operacyjne wyznaczają kierunki działań niezbędnych do osiągnięcia celów strategicznych.

Cel strategiczny 1.
Toruń atrakcyjnym miejscem zamieszkania i pracy 
Cele operacyjne:
1.1.   Rozwój kapitału ludzkiego i społecznego
1.2.   Zwiększenie wykorzystania potencjału kreatywnego we wszystkich dziedzinach rozwoju Torunia
1.3.   Tworzenie wysokiej jakości oferty kulturalnej
1.4.   Upowszechnienie sportu i rekreacji wśród mieszkańców
1.5.   Poprawa sytuacji zdrowotnej mieszkańców (w tym inwestycje w infrastrukturę zdrowotną i społeczną, programy profilaktyczne, opiekuńcze, itp.)
1.6.   Aktywizacja i integracja osób oraz grup wykluczonych i zagrożonych wykluczeniem społecznym
1.7.   Wsparcie osób z niepełnosprawnościami w integracji społecznej i zawodowej
1.8.   Poprawa stanu bezpieczeństwa i porządku publicznego w mieście   

Cel strategiczny 2.
Toruń miastem wysokiej synergii wykorzystania potencjału kulturowego, naukowego i gospodarczego
Cele operacyjne:
2.1.   Ciągłe doskonalenie współpracy pomiędzy przedsiębiorcami, jednostkami samorządu terytorialnego i instytucjami otoczenia biznesu
2.2.   Toruń miastem ogólnopolskich i międzynarodowych spotkań
2.3.   Znaczący udział w potencjale gospodarczym miasta branż nowoczesnych technologii
2.4.   Wzrost liczby miejsc pracy w mikro-, małych i średnich przedsiębiorstwach (MŚP)
2.5.   Umacnianie pozycji Torunia jako ponadregionalnego ośrodka edukacji o znaczeniu międzynarodowym
2.6.   Rozwój marki i produktów turystycznych
2.7.   Wzmacnianie i rozwijanie społecznych podstaw do rozwoju turystyki w Toruniu
2.8.   Rozwój i ciągłe doskonalenie lokalnych instytucji otoczenia biznesu
2.9.   Podnoszenie atrakcyjności inwestycyjnej Torunia
2.10. Poprawa sytuacji na rynku pracy
2.11. Umocnienie atrakcyjnego ponadregionalnego wizerunku Torunia   

Cel strategiczny 3.
Toruń miastem nowoczesnej infrastruktury
Cele operacyjne:
3.1.   Rozwój infrastruktury społecznej
3.2.   Wspieranie rozwoju budownictwa mieszkaniowego
3.3.   Rewitalizacja obiektów zabytkowych i terenów zdegradowanych
3.4.   Doskonalenie rozwiązań komunikacyjnych z uwzględnieniem układu przestrzennego miasta
3.5.   Zwiększenie komfortu korzystania z transportu zbiorowego oraz prowadzenie polityki cenowej przejazdów komunikacją miejską zmierzającej do upowszechnienia transportu zbiorowego  

Cel strategiczny 4.
Toruń miastem ładu przestrzennego
Cele operacyjne:
4.1.   Dalsza poprawa stanu środowiska naturalnego na terenie miasta
4.2.   Kontrolowany rozwój oraz poprawa estetyki przestrzeni miasta
4.3.   Efektywniejsze wykorzystanie walorów estetycznych Torunia w promocji miasta

Ponadto do powyższych celów operacyjnych zostały przypisane zadania realizacyjne.