Ojciec Święty Jan Paweł II gościł w Toruniu 7 czerwca 1999 roku. Było to jedno z najważniejszych wydarzeń w dziejach miasta.

Śmigłowiec z Ojcem Świętym Janem Pawłem II wylądował na płycie toruńskiego lotniska 7 czerwca 1999 r. o godz. 13.35. Papieża przywitali przedstawiciele władz państwowych, samorządowych i kościelnych, m.in. Marszałek Senatu RP prof. Alicja Grześkowiak, ówczesny prezydent Torunia Wojciech Grochowski i ks. bp Andrzej Suski.

Po powitaniu papamobile przejechał wśród zgromadzonych na lotnisku pielgrzymów i ulicami Torunia: Sz. Okrężną, Gagarina, Sienkiewicza, Fałata, Kraszewskiego, Czerwoną Drogą, Sz. Chełmińską, Rynkiem Staromiejskim, Szeroką i udał się bezpośrednio do domu biskupiego przy ul. Łaziennej. Tutaj Papież przywitał się m.in. z obsługą domu, przedstawicielami Polonii amerykańskiej, zjadł obiad i odpoczywał. Papieża podjeżdżającego do domu biskupiego przywitały dźwięki dzwonu Tuba Dei i muzyka kapeli góralskiej Trebunie Tutki.

Ojciec Święty spożył posiłek tylko w towarzystwie orszaku papieskiego. Jest jednak zwyczajem, że w takich obiadach uczestniczą także biskupi danej metropolii. W toruńskim przypadku byli to biskupi z Gdańska i Pelplina.

W drodze do Auli UMK Ojciec Święty wstąpił na krótką modlitwę do toruńskiej katedry św. Janów. To nawiedzenie ma charakter symboliczny, gdyż Papież odwiedza Kościoły lokalne, a katedra jest traktowana jako matka wszystkich kościołów diecezji. Ten gest jest więc wyrazem szacunku Papieża dla całej wspólnoty tworzącej Kościół diecezjalny.

O godz. 17.15 w Auli UMK na Bielanach rozpoczęło się spotkanie Jana Pawła II z rektorami wszystkich wyższych szkół polskich i przedstawicielami nauki. Z Auli Papież udał się wprost na miejsce celebry nabożeństwa czerwcowego. Wstępem do niego była beatyfikacja Sługi Bożego ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego.

W Toruniu dokonano korekty scenariusza samego nabożeństwa - odstąpiono od pierwotnego zamysłu, według którego nabożeństwu miał przewodniczyć Ojciec Święty. Ostatecznie poprowadził je ks. kard. Franciszek Macharski. Po nabożeństwie na zapleczu ołtarza Papież spotkał się ze swoją rodziną mieszkającą w Toruniu, podziękował asyście liturgicznej oraz pożegnał się z oficerami BOR zabezpieczającymi pobyt Papieża w Toruniu.

Około godz. 20.15, papamobile w drodze do lądowiska przejechał znowu wśród pielgrzymich sektorów. Z Torunia Ojciec Święty odleciał do Lichenia. Jan Paweł II spędził w naszym mieście blisko 7 godzin. Ocenia się, że w toruńskich spotkaniach z Ojcem Świętym wzięło udział 380 tys. osób.