Muzyka organowa w diecezji toruńskiej ściśle związana jest z bazyliką katedralną Św. Janów. Pierwszy Świętojański Festiwal Organowy (Świętojański Festiwal Muzyki Organowej) odbył się w 1985 roku, w dwa lata po zakończeniu renowacji zabytkowych organów barokowych (1688). Pierwsze edycje odbywały się jedynie na tych małych organach, słuchacze zaś raczyli się wykonaniami muzyki dawnej. W roku 1991 wyremontowano główny instrument z 1878 roku. Działanie to przyczyniło się do poszerzenia możliwości Świętojańskiego Festiwalu Muzyki Organowej. W kolejnych latach organiści mogli wybierać instrument na którym chcieli koncertować. W roku 2003 koncerty organowe w ramach festiwalu po raz pierwszy wyszły poza mury toruńskiej katedry, zaczęły odbywać się w innych kościołach diecezji. Najpierw muzyka organowa zabrzmiała w kościele Matki Bożej Królowej Polski na toruńskim Rubinkowie. W kolejnych latach usłyszeliśmy instrumenty z kościoła Wniebowzięcia Najświętszej Panny Marii, Św. Ducha, Matki Boskiej Zwycięskiej, Miłosierdzia Bożego, Opatrzności Bożej, Podwyższenia Krzyża. Oprócz Torunia, festiwal dotarł z koncertami do Chełmna, Grudziądza i Nowego Miasta Lubawskiego.
Festiwal jest imprezą międzynarodową. Oprócz naszych rodzimych wykonawców, melomani mają szansę usłyszeć artystów z innych krajów europejskich (Austrii, Hiszpanii, Holandii, Niemiec, Szwecji, Finlandii, Wielkiej Brytanii) i nie tylko (Stany Zjednoczone).
Koncerty festiwalowe odbywają się zwykle w soboty lub niedziele maja i czerwca. Od 2017 roku dyrektorem festiwalu jest ks. dr Mariusz Klimek.