Będące w dyspozycji Rady Miasta Torunia fundusze ochrony środowiska to od roku 1993 Gminny Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej (GFOŚiGW) oraz od 1999 Powiatowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej (PFOŚiGW).
Środki funduszy pochodzą z opłat i kar ponoszonych za korzystanie ze środowiska i mogą być przeznaczane wyłącznie na działania służące ochronie środowiska. Zasady dysponowania pieniędzmi GFOŚiGW oraz PFOŚiGW określa uchwała RMT nr 1038/2002 z dnia 21 lutego 2002 roku (z późniejszymi zmianami). Zgodnie z nią środki funduszy służą ochronie środowiska każdemu na równych prawach, zarówno przedsiębiorcom, jak i jednostkom nieprowadzącym działalności gospodarczej oraz osobom fizycznym.
Przyznawanie dotacji odbywa się po dokonaniu oceny uzyskanego efektu ekologicznego. Pierwszy termin składania wniosków upływa 31 października roku poprzedzającego termin przyznania dotacji.
Kierunki dofinansowania działań z zakresu ochrony środowiska w oparciu o środki funduszu to m.in.:
- edukacja ekologiczna,
- urządzanie i utrzymanie terenów zieleni,
- monitoring środowiska i wspomaganie systemów kontrolno - pomiarowych jego stanu,
- gospodarka odpadami,
- wspieranie działań inwestycyjnych i modernizacyjnych służących ochronie środowiska itp.
Począwszy od roku 1997 Rada Miasta Torunia wychodząc, naprzeciw oczekiwaniu społecznemu, wprowadza kolejne programy ochrony środowiska będące z jednej strony krokiem w kierunku poprawienia jego stanu, z drugiej zaś ekonomicznym "motorem" stanowiącym zachętę dla potencjalnych inwestorów. Są to: