Portret Mikołaja Kopernika (tzw. gimnazjalny) zajmuje szczególne miejsce w ikonografii kopernikańskiej, m.in. z uwagi na walory artystyczne dzieła. Od około 1594 r. do pocz. XX w. obraz znajdował się w Bibliotece Gimnazjum Akademickiego w Toruniu. Po odzyskaniu niepodległości do 1939 r. był przechowywany w Państwowym Gimnazjum Męskim im. Mikołaja Kopernika w Toruniu. W czasie okupacji przeniesiony został do Muzeum Miejskiego (obecnie Muzeum Okręgowe w Toruniu), a na przełomie lat 1944-45 próbowano wywieźć zabytek do Niemiec. W 1945 r. odnaleziono go w składnicy w Wyrzysku i wówczas został przekazany w depozyt do zbiorów Muzeum Miejskiego przez I Liceum Ogólnokształcące im. M. Kopernika w Toruniu. Obecnie prezentowany jest w Sali Mieszczańskiej Ratusza Staromiejskiego w Toruniu.

 

Portret przedstawia Mikołaja Kopernika w wieku ok. 35–40 lat. Uczony ukazany został jako postać o wyrazistych rysach oraz długich, ciemnych i falistych włosach. Charakterystyczne jest ujęcie oczu, z których lewe znajduje się niżej od prawego, co świadczy o pewnych niedociągnięciach warsztatowych u malującego. Ubiór uczonego stanowi czarna sutanna z widocznym białym futerkiem, widocznym przy kołnierzyku i ramionach. Tło portretu jest popielate o ciemnym odcieniu.

 

Podobrazie dzieła wykonane jest z trzech desek dębowych o bardzo nierównej powierzchni i grubości od 0,86 do 0,93 cm. Podczas konserwacji w latach 1946–1948 po lewej stronie obrazu wstawiono nową deskę dębową oraz brakujący fragment deski u góry po prawej stronie, nad głową astronoma.

 

Ciekawostką jest to, że najprawdopodobniej obraz był dłuższy od obecnego. Dolna krawędź malowidła nosi ślady drobnych uszkodzeń drewna, które mogły powstać przy odpiłowaniu części dzieła. Józef Flik wysuwał hipotezę, że pierwotny format obrazu ukazywał postać Kopernika z dostrzegalną lewą ręką trzymającą konwalię założoną na prawą rękę.

 

* Dotacja z rezerwy budżetu państwa w wysokości 500 000 zł na realizację zadania obejmowała pięć następujących elementów: opracowanie projektu i wykonanie nowej oprawy prezentacji portretu Mikołaja Kopernika z Sali Mieszczańskiej w Ratuszu Staromiejskim; zakup oświetlenia do przestrzeni ekspozycyjnej w holu przed Salą Królewską oraz uzupełnienie oświetlenia w przestrzeni ekspozycyjnej drugiego piętra; modernizację Ratusza Staromiejskiego w celu podniesienia jakości obsługi gości korzystających z oferty MOT w ramach ogólnopolskich obchodów 550. rocznicy urodzin Mikołaja Kopernika; zakup gablot wystawienniczych celem wykorzystania w planowanych wystawach czasowych, związanych z jubileuszem roku kopernikańskiego; zamówienie usług wykonania przeszklonego zamknięcia wschodniego skrzydła galerii ekspozycyjnej drugiego piętra, celem zapewnienia stabilnych warunków ekspozycyjnych dla prezentacji cennych artefaktów zabytkowych.
Jednym z powyższych elementów jest realizacja opracowania projektu i wykonanie nowej oprawy prezentacji portretu Mikołaja Kopernika z Sali Mieszczańskiej w Ratuszu Staromiejskim, którego koszt wyniósł 130 227,22 zł.
Wkład własny Muzeum Okręgowego w Toruniu w realizację całości projektu wyniósł 125 145 zł.