Kościół św. Jakuba wzniesiony został w I poł. XIV wieku jako świątynia parafialna dla mieszkańców Nowego Miasta Torunia, lokowanego w 1264 roku. Ze względu na swą wyjątkową konstrukcję uważany jest za najpiękniejszy gotycki budynek sakralny w Toruniu.

Kościół ten został bowiem zbudowany na wzór kamiennych, zachodnioeuropejskich katedr - ciężar sklepień jego głównej nawy przeniesiono na zwieńczone sterczynami skarpy za pomocą zewnętrznych łuków odporowych. Do dziś widoczny jest jeden z nich, rozpięty nad dachem niewielkiej zakrystii, pozostałe zostały bowiem złączone w XV wieku z murami podwyższonych wówczas bocznych kaplic.

Prezbiterium kościoła zostało już w XIV wieku bogato ozdobione maswerkowymi malowidłami i ceglanymi detalami architektonicznymi tworzącymi wspaniałą gotycką kompozycję, zachowaną do dzisiaj. Świątynia od zewnątrz ozdobiona jest ponadto napisem obiegającym prezbiterium, informującym o rozpoczęciu prac budowlanych w 1309 roku. Przed kościołem, u stóp barokowej rzeźby św. Jakuba Apostoła, znajduje się szczególny symbol – znak muszli, który świadczy, że Toruń i nowomiejski kościół są ważnym miejscem na dawnym szlaku pielgrzymkowym wiodącym z krajów bałtyckich przez Polskę do grobu św. Jakuba w Santiago de Compostela. Kościół w swej historii był użytkowany tak przez katolików jak i luteran. Od 1667 roku przez ponad 150 lat zawiadywany był przez benedyktynki.

W świątyni znajduje się wiele bardzo znakomitych dzieł sztuki - jedno z najważniejszych to gotycki krucyfiks przedstawiający Chrystusa wiszącego na drzewie życia, którego gałązki oplatają rzeźby 12 starotestamentowych proroków. Szczególnie cenne są również malowidła ścienne pochodzące z XIV-XVI wieku a także wiszący w prezbiterium obraz pasyjny ze scenami z ostatnich dni życia Chrystusa. Namalowane na nim postacie stały się wzorem dla kilkunastu niewielkich rzeźb przedstawiających średniowiecznych toruńskich mieszczan - znaleźć je można w starym murze przy ulicy Podmurnej oraz na dziedzińcu staromiejskiego ratusza.

W nawie głównej wspaniale prezentuje się barokowy ołtarz główny i renesansowe organy, jedne z najstarszych w Polsce. Bogato ozdobione filigranowymi rzeźbami i herbami Prus Królewskich oraz Starego i Nowego Miasta Torunia, zostały zbudowane w 1611 roku. Do dzisiaj ich głos rozbrzmiewa w nastrojowym wnętrzu pełnym niepowtarzalnych i drogocennych pamiątek z przeszłości.