Kościół św. Ducha jest późnobarokową świątynią wzniesioną w połowie XVIII wieku jako ewangelicki zbór.

Jego powstanie ściśle wiąże się z toruńskimi zamieszkami religijnymi z 1724 roku, w wyniku których miejscowi luteranie utracili posiadany wcześniej kościół Najświętszej Marii Panny.

Pozbawieni świątyni na Starym Mieście, dopiero w 1754 roku uzyskali zgodę królewską na zbudowanie prostego domu modlitwy, który z zewnątrz nie miał przypominać kościoła.

W ciągu dwóch kolejnych lat na obszarze zajętym wcześniej przez kilkanaście domów wzniesiono obszerny zbór, któremu nadano wezwanie św. Trójcy. Autorem zrealizowanego projektu był Effraim Schroeger, który później zasłynął jako czołowy architekt polskiego klasycyzmu. Zgodnie z postawionymi warunkami, świątynia nie posiadała wieży - obecną wzniesiono dopiero w ostatnich latach XIX wieku. Kościół aż do 1945 roku służył protestantom, następnie został przejęty przez księży Jezuitów i stał się kościołem akademickim, odwiedzanym przez pracowników i studentów toruńskiego uniwersytetu.

W latach osiemdziesiątych XX w. świątynia była miejscem spotkań antykomunistycznej opozycji. Wewnątrz zachowały się elementy wyposażenia w stylu rokoko, wśród których na szczególną uwagę zasługuje ołtarz główny oraz drzwi do zakrystii wykonane w 1756 r. w technice intarsji, polegającej na tworzeniu barwnych motywów dekoracyjnych wyłącznie z różnych gatunków drewna. Zbudowane w II poł. XVIII wieku organy uległy zniszczeniu w maju 1989 roku w czasie pożaru, który strawił wnętrze świątyni. Obecnie ich miejsce zajmuje nowy instrument, nawiązujący wystrojem do poprzedniego.